Het dikke kleipakket bood een goede basis voor bewoning. Vanaf de 12de eeuw komen hierover langzamerhand wat brongegevens beschikbaar, in de 13de eeuw moet er al een kleine nederzetting in lintbebouwing langs de meanderende Linschoten aanwezig zijn en vanaf de 15de eeuw zijn er schriftelijke rechtsregels bekend.
Na een aantal samenvoegingen en splitsingen van gerechten en polders werd de gemeente Linschoten in 1857 samengesteld uit de gemeenten Linschoten, Achthoven en Wulverhorst. In 1989 is Linschoten nagenoeg geheel opgegaan in de gemeente Montfoort. Het voormalige raadhuis werd ingericht als restaurant.
Het vruchtbare gebied van de "Linschotenstroom" was een ideale
vestigingsplaats voor landheren en hun "Huysen".Het verdwenen huis "de Pol" - bakermat van het adellijke geslacht Van den Poll - stond aan de westzijde van de Blindeweg (tussen Montfoort en Harmelen) en bestond vermoedelijk uit niet meer dan een toren op het nog bestaande omgrachte terrein.
Ook "Schurenburg", aan de oostzijde van de Blindeweg, voor het eerst genoemd in 1341, bestond waarschijnlijk uit niet meer dan een bescheiden toren.
"Heulestein" (aan de weg tussen Linschoten en Montfoort) werd in 1320 gesticht door Roelof de Rover, broer van de burggraaf. Het bestond uit een rechthoekig donjon op een ruim omgracht terrein. Het is omstreeks 1418 gesloopt.
Het 13de eeuwse huis "Wulverhorst" (ten noorden van Linschoten - sinds 1989 in de gemeente Woerden) bestond uit een rechthoekige donjon die in 1418 als gevolg van de Hoekse en Kabeljauwse twisten werd verwoest.
Het veelhoekige slot "Linschoten" lag in de dorpskom van Linschoten en wordt in 1270 genoemd. Het is reeds lang verdwenen, maar er zijn nog sporen te zien van de omgrachting en het terrein is aangemerkt als archeologisch monument.
Het huis "te Nesse" (buiten het dorp aan de Lange Linschoten), gebouwd omstreeks 1300, was oorspronkelijk een elfhoekige burcht. Het huis werd in 1517 voor afbraak verkocht en vervangen door een buitenhuis, dat op zijn beurt in de 18de eeuw werd gesloopt.
Aan de noordoever van de Lange Linschoten ligt het "Landgoed Linschoten". Met de bouw van het "Huis te Linschoten" werd in 1638 begonnen. Aanvankelijk was het een herenhuis; in 1647 werden het achterhuis en de torens toegevoegd. Het Huis is door bossen, grienden en boerderijen omgeven en in voortreffelijke staat van onderhoud. Bij uitzondering is het soms toegankelijk. Wel is het landgoed in alle seizoenen een schitterend wandelgebied.
De schilderachtige dorpskom van Linschoten is sinds 1966 beschermd dorpsgezicht, dat aan het einde van de Dorpstraat slechts door het water van de Lange Linschoten wordt gescheiden van een beschermd natuurgebied.
De Nederlands Hervormde kerk (Grote of St. Janskerk) dateert oorspronkelijk uit circa 1400. In 1877 werd de scheve toren, wegens verzakking (de dikke kleirug bleek toch minder solide dan men oudtijds dacht), flink ingekort.
Zowel in de dorpskom als in het buitengebied van Linschoten is een groot aantal huizen en boerderijen aangewezen als monument. In veel oude en nieuwe straatnamen zijn de namen van de oude gerechten en polders nog te herkennen: Rapijnen, de Beide Vlooswijken, de Haar, Mastwijk, Cattenbroek, Schagen en den Engh.